Setiap naskah yang dikirimkan ke AJIS: Academic Journal of Islamic Studies akan melalui proses evaluasi independen oleh minimal dua reviewer melalui mekanisme blind peer-review. Keputusan untuk menerima, merevisi, atau menolak naskah ditentukan berdasarkan laporan dan rekomendasi dari para reviewer. Dalam kondisi tertentu, editor dapat menugaskan reviewer ketiga untuk melakukan penilaian tambahan sebelum mengambil keputusan akhir apabila diperlukan.